慢性腦膜炎可見於真菌感染，結核病，萊姆病，艾滋病，梅毒或一些非感染性疾病如肉樣瘤病，貝切特綜合症以及新生物——例如白血病，淋巴瘤，黑色素瘤，腦部轉移癌以及膠質瘤(特別是成膠質細胞瘤，室管膜瘤和髓母細胞瘤)。
(1) 肉樣瘤性腦膜炎
口服強的松每天總量80mg，連用3周，然後每隔3天將每天總量減少5mg。
(2) 放線菌性腦膜炎
首選藥物為新霉素G，每天總量為2000萬u，肌內注射或靜脈注射(兒童/每日200000u/Kg，)每4小時1次，共分6次給藥，至少需連用6周，以後可改用口服青霉素V100/(kg.d)，每6小時1次，分次服用，可繼續治療2~3個月
(3)真菌性腦膜炎
兩性霉素B是針對所有真菌或酵母菌的首選藥物。對成人，以1mg的試用劑量開始，作緩慢靜脈滴注，根據病人耐受情況逐步增加劑量，最高劑量為1mg/(kg.d)不得超出。通常整個療程的用藥總量為2~6g，最佳總劑量尚未確定。對兒童病例，首次試用劑量為0.25mg/Kg，按照0.1mg/ml的比例溶於5%葡萄糖溶液，作持續6小時的靜脈滴注。每天增加0.25 mg/Kg的劑量，最高不得超出1 mg/(kg.d)。如果兩性霉素B的血濃度能夠維持在至少高出藥敏試驗有效抑菌濃度一倍以上的水平，則療程不必超出10周。
(4)隱球菌性腦膜炎
兩性霉素B(二性霉素B)是目前公認的首選藥，它能選擇性地與真菌細胞膜上的麥角甾醇結合，增加細胞膜的通透性，使菌體內物質外滲，導致真菌死亡。首次劑量為0.5～1mg，第2天為3mg，第3天為5mg，以後每天增加5mg，直至每天0.5～1mg/kg，新鮮配制溶於5%葡萄糖溶液500ml中，避光、緩慢靜脈滴注4～6h以上，總劑量為2～3g，該藥靜滴中常出現發熱、寒戰、嘔吐等，可在用藥前半小時給予解熱鎮痛藥口服或在靜滴同時加地塞米松2～5mg，其他常見副作用有低血鉀、貧血、皮疹、心肌及肝、腎功能損害等，故應定期作血清鉀、肝、腎功能、血例行和心電圖等檢查。
氟康唑通過抑制細胞色素P依賴酶，抑制細胞膜麥角甾醇的生物合成而發揮殺菌作用，該藥易通過血-腦脊液屏障，腦脊液中濃度可達血漿中80%左右，是艾滋病合並隱球菌腦膜炎患者的首選藥。可口服或靜脈滴注，每天200～400mg，副作用較輕，主要為惡心、嘔吐及肝臟損傷。國內姚志榮等1998年報道一組應用二期療法治療10例隱球菌性腦膜炎患者，前期兩性霉素B (AMB)靜脈滴注合並鞘內注射，同時給予氟康唑，至腦脊液培養轉陰，繼續應用氟康唑100～200mg口服維持，直至CSF直接鏡檢連續3次陰性後停藥，結果10例患者均痊愈，無復發。
(5)結核性腦膜炎
目前對結核性腦膜炎的治療多采用鏈霉素(SM)、異煙肼(INH)、利福平(RFP)和吡嗪酰胺(PZA)合並治療。其中異煙肼INH為最主要的藥物，整個療程自始至終應用。療程1～1.5年，或腦脊液正常後不少於半年。
一線抗結核藥物三聯或四聯療法：
(1)異煙肼 利福平 吡嗪酰胺。
(2)異煙肼 利福平 吡嗪酰胺 鏈霉素治療。
SM：20～30mg/(kg·d)，每天肌注1次，最大量不超過每天750mg。1～2個月後根據病情改為隔天1次，1～2個月;鏈霉素可導致聽力及前庭功能損害，一般肌內注射不超過2個月。總療程3個月左右。
INH：10～20mg/(kg·d)，一次頓服，最大量不超過每天400mg，療程1～1.5年。異煙肼口服或靜脈滴注的同時，為防止出現多發性周圍神經病等毒副作用應給予維生素B6。
利福平：10～15mg/(kg·d)，最大量不超過每天450mg，療程6～9個月，必要時1年。
吡嗪酰胺：20～30mg/(kg·d)，口服，每天最大量不超過1.5g，療程3～6個月。
乙硫異煙胺：10～15mg(kg·d)，每天最大量不超過500mg，療程6個月，一般為代替RFP或PZA用。
二線抗結核藥物如乙胺丁醇成人15～25mg/(kg·d)，兒童15mg/(kg·d),可據情更替上述抗結核物。
鞘內注射抗結核藥物問題：自INH廣泛應用後，鞘注療法已較少采用。但對嚴重的晚期患兒有時可考慮使用。劑量：INH 20～50mg/次，可與鞘注激素同時或隔天交替應用。2～4周為1療程。
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