由於骨質疏鬆後期所導致的骨骼病理改變尚無法從根本上治愈，因此骨質疏鬆治療的關鍵在於早期，而根據不同的情況選擇合適的藥物尤為重要。
人體對鈣劑的主動吸收是有閾值的，當鈣濃度達到飽和閾值時，人體將難以吸收更多的鈣。因此補鈣的方法十分重要，首先是適量，最好分次進行，臨睡前服用更佳。
對於絕經後骨質疏鬆患者，尤其是絕經早期伴更年期症狀者，雌激素補充療法十分有效。
若年齡超過55歲，且沒有明顯的更年期症狀，則建議選用阿侖膦酸鈉並補充活性維生素D3。
由於補充雌激素有一定的風險，有下列疾病則不能使用雌激素：雌激素依賴性腫瘤（乳腺癌、子宮內膜癌）、血栓性疾病、不明原因陰道出血及活動性肝病和結締組織病為絕對禁忌證。子宮肌瘤、子宮內膜異位症、有乳腺癌家族史、膽囊疾病和垂體泌乳素瘤者慎用。有子宮者應用雌激素時應配合適當劑量的孕激素制劑，以對抗雌激素對子宮內膜的刺激，已行子宮切除的婦女應只用雌激素，不加孕激素。激素治療的方案、劑量、制劑選擇及治療期限等應根據患者情況個體化。應用最低有效劑量。堅持定期隨訪和安全性監測（尤其是乳腺和子宮）。
對於老年性骨質疏鬆患者，由於活性維生素D3代謝物缺乏及維生素D抵抗伴代償性甲狀旁腺激素分泌增加是老年性骨質疏鬆的重要病因，故補充活性維生素D3是必須的。如果骨量下降明顯並伴有骨痛或骨關節炎的老人，降鈣素和二膦酸鹽也十分有效。
由於其他疾病引起的繼發性骨質疏鬆，首先應治療原發病，同時應用活性維生素D3、二膦酸鹽或降鈣素也很重要。
由於骨性關節炎（俗稱骨質增生）是老年人最常見的骨骼系統退行性疾病，骨質疏鬆同時伴發骨性關節炎者亦十分常見。降鈣素和活性維生素D3不僅能治療骨質疏鬆，同時對軟骨損傷修復有良好的促進作用，而二膦酸鹽既可治療骨質疏鬆又能抑制過度的骨質增生，因此降鈣素、活性維生素D3和二膦酸鹽是骨質疏鬆伴骨性關節炎臨床治療的選擇。
不少骨質疏鬆患者的一個重要表現是腰背部或者髖部酸痛（俗稱骨痛），對於此類患者應選擇降鈣素，如果對降鈣素過敏，則可考慮二膦酸鹽治療。需指出的是無論降鈣素還是二膦酸鹽都不是止痛劑，疼痛的緩解需要一定的時間。所以治療早期可期聯合應用非類固醇類藥物，以確保止痛療效。
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