第一：如果小三陽DNA檢測呈陰性，肝功能、B超等均長期正常，說明病毒已不復制，無傳染性，所以無需隔離與治療。這種情況約占小三陽 患者總數的60%–70%，目前國內外尚無進一步治療的方法。一味追求轉陰而服用大量治療性中西藥物只會增加肝臟負擔，甚至招致不良後果。
第二：小三陽還有一種表現為B型肝炎病毒 DNA 低水平復制（PCR 檢測《 =106，肝功能正常或輕度異常，腹部 B超脾稍厚，稱為慢性B型肝炎病毒殘留期。這種情況約占小三陽患者總數的20%，目前國內對此種患者最容易忽視。如果不積極治療，任其發展，可導致肝硬化、肝癌。
第三：最嚴重的是B型肝炎病毒DNA高水平復制（PCR 檢測》106），肝功能不正常，稱為“e 抗原陰性的慢性B型肝炎 ”。這種情況約占小三陽患者總數的10%，它的特點是病毒復制活躍，傳染性強，是由於B型肝炎病毒變異所致。
這種小三陽反而比三大陽嚴重，其轉化為肝硬化、肝癌的幾率更高。在治療上可采取免疫療法與抗病毒藥物相結合 ，促使B型肝炎病毒 DNA 轉陰，肝功能恢復正常，而不應僅僅是護肝降酶這種治標不治本的“ 姑息療法 ”。
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