過去，臭豆腐普遍被認為是“不健康”的食物，如今卻搖身一變成了好東西。據臺灣《康健》雜志報道，臭豆腐中富含植物性乳酸菌，具有很好的調節腸道及健胃功效。
北京食品釀造研究所所長魯緋告訴記者，它的原料豆腐干本來就是營養價值很高的豆制品，蛋白質含量達15%—20%，同時含有豐富的鈣質。經過發酵後，蛋白質分解為各種氨基酸，又產生了酵母等物質，所以有增進食欲，促進消化的功效。臭豆腐乳飽和脂肪含量很低，又不含膽固醇，還含有大豆中特有的成分———大豆異黃酮，因此被稱為國內的“素奶酪”，它的營養價值甚至比奶酪還高。
吃臭豆腐，對預防還有積極作用。一項科學研究表明，臭豆腐一經制成，營養成分最顯著的變化是合成了大量維生素b12。每100克臭豆腐含10微克左右。缺乏維生素b12可以加速大腦老化進程，從而誘發老年癡呆。發酵後的豆制品也可產生大量維生素b12，尤其是臭豆腐含量更高。臭豆腐雖好，也不能多吃。每天最好別超過一塊。另外，油炸臭豆腐營養含量下降，因此盡量少吃。
在食用臭豆腐時，不妨夾在饅頭里或者和粥一起吃。吃完後，多吃新鮮的蔬菜和水果，它們含有的維生素c可阻斷亞硝胺生成。
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